大晦日にAVRマイコン用の基板のチェックをしているときにフューズビットかロックビットに誤った値を書き込んでしまったようで、以後書き込みができなくなってしまいました。
AVRISP2ではこれらの書き換えができないため、高圧並列書き込みをするのに初めてSTK500を使いましたがネット上に参考になるサイトが無く、成功するまで少し悩んだので参考までに記録を残しておきます。
STK500は５年以上前に購入したものですが自分で使ったのは初めてです。なお、今では国内での入手が難しいようですが（僕は秋月で当時７，８００円で購入）、デジキー（米国の電子部品通販サイト）では扱っている（１万円強）模様です。秋月では後継機のSTK600がありますが、ちょっと高価で２万円以上します。ターゲットマイコンがSTK500で使えるのであれば、こちらの方が安価です。（追加で調べたら国内ではコンパス・ラブさんで現在でも扱い有り 価格はデジキーの方が安いかも）
STK500内の接続は
PROG CTRL～PORTD（１０芯ケーブル）とPROG DATA～PORTB(１０芯ケーブル）の他にBSEL2のDsubコネクタ側ピンとPORTCのPC2をジャンパーワイヤで接続します。
BSEL2の隣にあるPJUMPもショートプラグを挿入します。（向きに注意）
従って、１０芯フラットケーブル２本と１芯のワイヤ１本、ショートプラグ２個を使用します。
上の写真では、BSEL2とPORTC(PC2)間が２芯ワイヤですが、使っているのは１本です。（１芯のメスーメスが手元に無かったので。）BSEL2ヘッダでつなぐのは右側のピンです。
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以下はAtmel Studio 7.0でのSTK500の使い方．．．．
Atmel Studio 7.0でSTK500が使えるように追加。
Tools – Add target….
STK500を選択
STK500が使っているCOMポートを選択（使用環境で異なるので、デバイスマネージャで確認のこと）
Device Programmingを開いて
Tools からSTK500を選択
Deviceからマイコンを選択（ここではATmega328P)
Interfaceを選択（高圧並列書き込みなのでHVPPを選択）し、 Applyをクリック。
Memoriesを開き、Device から Erase Chip – Erace nowをクリック（これで内容消去）
Fusesを選び、必要な項目のみチェック（不必要なものは外す 下記は参考）したら、Programをクリック。
Lock bitsを開き、３項目を設定。下記は ATmega328Pのデフォルト値（のはず）
ここは、全てプルダウンメニューになっている。良ければProgramをクリック。
これでフューズビットとロックビットは初期状態に戻せるので、書き込み可能になったはず。
書き込むファイルができているのであれば、Memoriesを選んで、Flashにファイルを設定してProgramをクリックして書き込み。
以上で書き込みが成功すれば、完了。